Zudem wird der KWK-Zuschlag nicht nur für den eingespeisten Strom bezahlt, sondern auch für den Eigenverbrauch. Damit der KWK-Zuschuss ausbezahlt werden kann, müssen die Anlagen beim Bundesamt für Bundesamt für Wirtschaft und Ausfuhrkontrolle (BAFA) angemeldet und zugelassen werden. Für serienmäßig hergestellte neue KWK-Anlagen mit einer elektrischen Leistung bis 10 kW hat das BAFA das Verfahren vereinfacht. Die Zulassung wird durch die Allgemeinverfügung ersetzt, muss also nicht mehr im Einzelfall beantragt werden. Im Rahmen der Allgemeinverfügung ist die Zulassung gebührenfrei. Die Bearbeitungsgebühr für Anlagen bis zu 50 kWel beträgt 75 Euro und für Anlagen über 50 kWel jeweils 0,2 Prozent der zu erwartenden KWK-Zuschläge (maximal 20.000 Euro für Großanlagen).

Die KWK-Zuschläge sind nach Leistung gestaffelt. Für den Leistungsanteil bis 50 Kilowatt elektrischer Leistung beträgt der Zuschlag 5,11 Cent/kWh, bei einer elektrischen Leistung zwischen 50 kW und 2 MW werden für den Anteil über 50 kWel 2,1 Cent/kWh bezahlt. Beispiel: bei einem 500 kWel-BHKW werden 10 Prozent des Stroms für die ersten 50 Kilowatt mit 5,11 Cent/kWh vergütet und 90 Prozent für den Rest mit 2,1 Cent/kWh. Der Zuschlag wird für einen Zeitraum von zehn Jahren ab Aufnahme des Dauerbetriebs der Anlage bezahlt. Bei Anlagen, die kleiner als 50 Kilowatt elektrisch sind, besteht für den Netzbetreiber auch danach die Verpflichtung zur Abnahme und Vergütung der vermiedenen Netzentgelte und des üblichen Preis des eingespeisten Stroms.

Bei KWK-Anlagen mit Biomasse wird anders gerechnet. Dort kann das Erneuerbare Energien Gesetz (EEG) zur Anwendung kommen, das eine deutlich höhere Einspeisevergütung vorsieht. Die Anlage muss dann nicht beim BAFA, sondern beim Stromnetzbetreiber angemeldet werden.

Vorteile gibt es für KWK-Anlagenbetreibern auch aus dem Energiesteuergesetz vom 15.06.2006. Darin ist geregelt, dass Brennstoffe zur gekoppelten Erzeugung von Wärme und Strom von der Energiesteuer befreit sind. Betreiber von Blockheizkraftwerken erhalten die Energiesteuer für den im BHKW eingesetzten Brennstoff auf Antrag einmal jährlich vom zuständigen Hauptzollamt zurückvergütet. Voraussetzung für die Erstattung ist ein Jahresnutzungsgrad der KWK-Anlage von mindestens 70 Prozent. Auch von der Stromsteuer sind KWK-Betreiber teilweise befreit. Die Stromsteuer wurde 1999 als Ökosteuer eingeführt. Sie beträgt 2,05 Cent je kWh Strom und wird vom Elektrizitätsversorgungsunternehmen auf den Strompreis aufgeschlagen.

Neben den Zuschlägen für den Strom, der in den Kleinkraftwerken erzeugt wird, gibt es auch die Möglichkeit, den Umstieg von einer konventionellen Heizung auf eine KWK-Anlage mit einem staatlich bezuschussten KfW-Kredit aus dem Programm zur CO2-Gebäudesanierung zu finanzieren. Dort sind KWK-Anlagen relativ privilegiert. Seit März 2011 gibt es bei diesem Programm, das die Kreditanstalt für Wiederaufbau KfW verwaltet, durch staatliche Zuschüsse verbilligte Kredite für einzelne Sanierungsmaßnahmen. In den Richtlinien ist vorgeschrieben, dass Heizungen auf Basis erneuerbarer Energien nur dann bezuschusst werden, wenn sie mit Öl- oder Gasbrennwertanlagen, Anlagen zur Kraft-Wärme-Kopplung oder Nah- und Fernwärme gebündelt werden. Neben bundesweiten staatlichen Fördermitteln gibt es in einigen Bundesländern auch immer wieder Landesfördermittel. Und schließlich locken auch Anbieter und Gasversorger mit zeitlich begrenzten Angeboten. Es macht also auf jeden Fall Sinn, sich kurzfristig vor dem Anlagenkauf zu informieren.

Hausbesitzer, die ihr Haus mit einem kleinen Blockheizkraftwerk ausgerüstet haben, können sich die beim Kauf der Anlage bezahlte Mehrwertsteuer vom Fiskus zurück erstatten lassen. Der Bundesfinanzhof hat entschieden, dass der Betrieb eines Blockheizkraftwerkes in einem Einfamilienhaus die Voraussetzungen einer unternehmerischen Tätigkeit erfüllt. Bedingung: Der Betrieb muss der nachhaltigen Erzielung von Einnahmen dienen. Die Begründung des Gerichts: Durch den Einspeisevertrag habe sich der Hausbesitzer auf unbestimmte Zeit zur Stromlieferung aus dem Blockheizkraftwerk verpflichtet. Hierfür stehe ihm das vertraglich vereinbarte Entgelt zu. Für diesen auf Dauer angelegten Leistungsaustausch habe es nach Inbetriebnahme der Anlage und Errichtung des Stromzählers keiner weiteren Aktivität des Klägers bedurft. Die unternehmerische Intensität sei im Übrigen unabhängig von der Höhe der Einnahmen (BFH, Urteil vom 18. Dezember 2008, Az.: V R 80/07).

Eine weitere Konsequenz des Urteils: Betreiber von Blockheizkraftwerken in Privathäusern dürfen ihre Anlagen abschreiben, wenn sie zum Vorsteuerabzug berechtigt sind, weil sie als Gewerbetreibende ihre Einnahmen versteuern müssen.